Segun lo establecido en el protocolo, la empresa de Adif se encargará del desarrollo de los servicios básicos de mantenimiento, explotación y sistemas de control, circulación, seguridad e indicadores, con el fin de asegurar la operatividad y la buena conservación del mismo. En conjunto, el proyecto permitirá enlazar Sevilla con Málaga en 150 minutos.
Además también se acordó atribuir a la empresa pública Ferrocarriles de la Junta de Andalucía las competencias sobre el Eje Ferroviario Transversal en este tramo relativas a aprobación de proyectos constructivos, ejecución de obras, administración de infraestructuras, tutela de dominio público y supervisión e inspección de obras, mantenimiento y conservación.
Adif asignará al operador que designe la Junta las franjas horarias para la prestación de los servicios regionales en compatibilidad con los tráficos de carácter nacional.